Die Ursprünge der Johanniskirche in Hagen liegen in der Mitte des 12. Jhdt’s. Sie entstand in dieser Zeit als kreuzförmige romanische Basilika, als deren Schutzheiliger Papst Urban und der Hl. Georg galten. Ein Figurentaufstein aus jener Zeit befindet sich bis heute im Märkischen Museum auf der Burg Altena. Die romanische Basilika hatte Bestand, bis der aus Tirol stammende und in Soest ansässige Baumeister Georg Eggert 1748-50 eine neue, größere, dreischiffige Hallenkirche in schlichten Barockformen erbaute. Der romanische Turm wurde sogar erst 1903-04 durch eine neue Schaufassade mit spitzhelmbekröntem Turm und Taufkapelle ersetzt (Architekt: Walter Fischer, Hagen). Im Gegensatz zu Langhaus und Chor bruchsteinsichtig, ist dieser repräsentative Vorbau nach wie vor auch stilistisch leicht als spätere Zutat erkennbar, obwohl die gesamte Kirche nach schwersten Kriegsschäden bis 1951 wiederaufgebaut werden musste (Adolf Schulz, Bielefeld). Der spitze Turmhelm wurde sogar erst 1980 wieder aufgesetzt.
Bereits 1543 war Pfarrer Theodor Nicolai mit einem Großteil der Hagener Gemeinde zum Luthertum übergetreten. 1550 wurde er jedoch verjagt, sodass erst Pastor Johannes G. Wippermann im Jahr 1554 die neue Lehre dauerhaft etablieren konnte. Ein 1954 rekonstruierter Gedenkstein zwischen Kanzel und Sakristei erinnert bis heute an ihn.
Die barocke Innenausstattung, Orgel, und der Kanzelaltar wurden im Zweiten Weltkrieg zerstört. Der Bielefelder Kirchenkünstler Prof. Arnold Rickert schuf bis 1951 einen neuen Altar und eine neue Kanzel in traditionellen Formen. Der Altar ist seit 2018 in der Taufkapelle der Kirche zu sehen. Die Kanzel wird bis heute genutzt. Den Entwurf für das große Chorfenster lieferte Paul Thol aus Gelsenkirchen, ein Künstler, der in der Nachkriegszeit an der Ausstattung vieler historischer Kirchen im südlichen Westfalen mitgewirkt hat. Ährengaben, Reben und Engelfiguren mit Kelchen verbildlichen die Bedeutung des Abendmahls mit Brot und Wein. Die große Fensterrose in der Turmfassade gestaltete der Hagener Leo Janischowsky 1992 in Alabaster nach dem Christuswort „Ich bin das Licht der Welt“ (aus: Von Kapitellen, Kanzeln und Taufsteinen. Ein spannender Führer zu 67 Kirchen und Klöstern im Ruhrtal. Jordan, Rüdiger. Klartext Verlag, Essen 2006).
2018 wurde die Kirche unter der Leitung des Architekturbüros Zamel und Krug aus Hagen behutsam und umfangreich saniert. Auf der Südseite der Kirche wurde ein Gemeindesaal mit Küche und sanitären Anlagen angebaut. Ein neuer Haupteingang zur Frankfurter Straße wurde geschaffen. Seit dem ist die Taufkapelle an der Westseite unter der Orgelempore wieder als Kapelle zu nutzen. Sie bietet den Besuchenden einen Raum der Stille. Mit der jüngsten Sanierung verfolgt die Ev.-luth. Stadtkirchengemeinde ein neues, zur Stadt hin offenes Gemeinde- und Gottesdienstkonzept. Dafür wurden die Kirchenbänke durch eine flexible Bestuhlung ersetzt und der Ort des gottesdienstlichen Geschehens näher an die Gemeinde geholt. Die neuen Prinzipalstücke Altar, Ambo, Kreuz und der Osterkerzenständer wurden nach Entwürfen von Raoul Zamel in der Schmiede und der Weberei der Abtei Königsmünster unter der Leitung von Pater Abraham hergestellt. Ein neues Lichtkonzept leuchtet die schöne Deckenmalerei im Gewölbe der Kirche aus.
